Prodotto dal National Center for Biotechnology Information (NCBI) presso la National Library of Medicine (NLM) dei National Institutes of Health (NIH) degli Stati Uniti, la banca dati viene comunemente interrogata attraverso Entrez, il motore di ricerca messo a punto dall'NCBI per l'individuazione di informazioni biologiche, chimiche e mediche.
PubMed condivide le informazioni di base con Medline e con l'Index Medicus, la corrispondente versione a stampa la cui pubblicazione, per l'avvento degli strumenti informatici, è stata interrotta nel 2004. Rispetto a Medline, PubMed è tuttavia arricchito da riferimenti provenienti da altri database bibliografici secondari specializzati, come l'Index to Dental Literature, l'International Nursing Index, l'Hospital Literature Index e altre fonti d'informazione su specifici settori.
